ATTED-II

The ATTED-II database uses gene co-expression analysis of the AtGenExpress data to predict functional 7 base-pair motifs in promoters. Motifs identified within a promoter region 200 bp upstream of the transcription start site.

Reference
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17130150

Descriptions for each table:

ATTED_II

value

useful

Select a file name to see the detais.

Show API List

#LINK
#lang	en
#attribution_name	GenoCon
#attribution_url	http://atted.jp/download.shtml
#license	http://creativecommons.org/publicdomain/zero/1.0/deed.en
#file_name	ATTED_II
#download_from	http://linkdata.org/work/rdf1s458i
#property	motif position	motif sequence	CEG
#object_type_xsd	integer	string	float
#property_context	Assertion	Assertion	Assertion
At1g01010
At1g01030	49 \| 51 \| 53 \| 88	TCTCTCT \| TCTCTCT \| TCTCTCT \| ATGGGCC	0.06 \| 0.07 \| 0.06 \| 0.08
At1g01040
At1g01050	31	ATATAAA	0.08
At1g01060	104 \| 105 \| 106	ACGTGTC \| CACGTGT \| CCACGTG	0.09 \| 0.10 \| 0.07
At1g01070	27 \| 28 \| 97	ATAAATA \| TATAAAT \| AAAATAT	0.08 \| 0.10 \| 0.07
At1g01080	95 \| 96	ATGGGCC \| AATGGGC	0.08 \| 0.09
At1g01090	32 \| 33 \| 34 \| 35	TATATAA \| ATATATA \| TATATAT \| ATATATA	0.11 \| 0.10 \| 0.10 \| 0.10
At1g01100	30 \| 58 \| 79 \| 80 \| 81 \| 82 \| 120 \| 179 \| 180	TATAAAC \| GGCCCAT \| GGGCCTA \| TGGGCCT \| ATGGGCC \| AATGGGC \| AGGCCCA \| AAGTCAA \| AAAGTCA	0.07 \| 0.10 \| 0.07 \| 0.09 \| 0.08 \| 0.09 \| 0.08 \| 0.07 \| 0.07
At1g01110	37 \| 38 \| 39 \| 77 \| 78 \| 82 \| 140	CTATAAA \| TCTATAA \| GTCTATA \| TTCTAGA \| CTTCTAG \| TTGACTT \| GATATTT	0.09 \| 0.06 \| 0.06 \| 0.10 \| 0.08 \| 0.09 \| 0.08
At1g01120
At1g01130	37 \| 38 \| 87	AAGCCCA \| AAAGCCC \| GCCCAAT	0.07 \| 0.06 \| 0.07
At1g01140	75 \| 110	ACGTGGC \| ACGCGGA	0.07 \| 0.07
At1g01150	39 \| 40	AAACCCT \| TAAACCC	0.14 \| 0.10
At1g01160	102 \| 130 \| 148	GGCCCAA \| AGGCCCA \| GGGCCTT	0.07 \| 0.07 \| 0.06
At1g01170	26 \| 27 \| 46 \| 72	GATAAGA \| AGATAAG \| TTATCCA \| GCCCATT	0.06 \| 0.06 \| 0.09 \| 0.10
At1g01180
At1g01190
At1g01200	35	ATATAAA	0.08
At1g01220	40 \| 105 \| 106 \| 107	CTCCAGA \| TGACTTT \| TTGACTT \| TTTGACT	0.06 \| 0.06 \| 0.07 \| 0.07
At1g01225	92	TCTCTAG	0.06
At1g01230	64	AAATATC	0.13
At1g01240	86 \| 101 \| 102	CAGCTGT \| CACGTGT \| ACACGTG	0.07 \| 0.11 \| 0.10
At1g01250
At1g01260
At1g01280	36	TATATAT	0.10
At1g01290	29	AACCCTA	0.13
At1g01300	38 \| 39 \| 87	GATATTT \| AGATATT \| TTATCCA	0.10 \| 0.10 \| 0.06
At1g01310	49 \| 50 \| 51 \| 57 \| 58	TGACTTT \| TTGACTT \| TTTGACT \| CATGCAT \| CCATGCA	0.06 \| 0.07 \| 0.06 \| 0.06 \| 0.07
At1g01320	46	AGATATT	0.10
At1g01330
At1g01340
At1g01360
At1g01370
At1g01380
At1g01390
At1g01410
At1g01420
At1g01430	73 \| 114 \| 146	CATGCAA \| CCGACAT \| AATATCT	0.08 \| 0.06 \| 0.07
At1g01440	41 \| 42 \| 43 \| 44	ACCCTAG \| AACCCTA \| AAACCCT \| AAAACCC	0.08 \| 0.13 \| 0.13 \| 0.08
At1g01450
At1g01460
At1g01470	73 \| 74 \| 110 \| 111 \| 191	AAACCCT \| AAAACCC \| GACACGT \| AGACACG \| AAATATC	0.08 \| 0.07 \| 0.08 \| 0.07 \| 0.07
At1g01480	37 \| 38 \| 39	ATATAAA \| TATATAA \| CTATATA	0.08 \| 0.10 \| 0.13
At1g01490	43 \| 44 \| 46 \| 48 \| 50 \| 52	CTCTCTT \| TCTCTCT \| TCTCTCT \| TCTCTCT \| TCTCTCT \| TCTCTCT	0.07 \| 0.07 \| 0.07 \| 0.06 \| 0.06 \| 0.07
At1g01500	27 \| 35 \| 36 \| 158	AAACCCT \| AATATCT \| AAATATC \| ACACGTG	0.14 \| 0.11 \| 0.11 \| 0.08
At1g01510	3 \| 35 \| 36 \| 37 \| 102	TCACTCC \| CCCTAAA \| ACCCTAA \| AACCCTA \| TTGGGCC	0.07 \| 0.08 \| 0.10 \| 0.13 \| 0.09
At1g01520	148 \| 149	CACGTGT \| ACACGTG	0.08 \| 0.08
At1g01530
At1g01540	2 \| 63 \| 68	TCACTCC \| CATGCAA \| CCACACA	0.07 \| 0.08 \| 0.07
At1g01550	112	CGTCACA	0.06
At1g01560	33 \| 35	TAAACCC \| TATAAAC	0.10 \| 0.07
At1g01570
At1g01600	24 \| 25 \| 26	TATAAAT \| CTATAAA \| CCTATAA	0.10 \| 0.09 \| 0.07
At1g01610	8 \| 27 \| 28	CTCTCTT \| AAAACCC \| TAAAACC	0.06 \| 0.09 \| 0.06
At1g01620	64	TTATCCA	0.09
At1g01630	94 \| 95 \| 96 \| 97	GCCCAAT \| GGCCCAA \| AGGCCCA \| AAGGCCC	0.07 \| 0.07 \| 0.10 \| 0.08
At1g01640
At1g01650	92 \| 93 \| 115	GCCCAAA \| AGCCCAA \| AAGCCCA	0.06 \| 0.07 \| 0.07
At1g01660
At1g01670	61	ACGTGTC	0.10
At1g01690
At1g01700
At1g01710	38	ACACGTG	0.09
At1g01720	24 \| 43 \| 44 \| 45 \| 46 \| 47 \| 77 \| 78 \| 86 \| 87 \| 111	TATATAA \| CGTGTCC \| ACGTGTC \| CACGTGT \| ACACGTG \| GACACGT \| TCTAGAA \| TTCTAGA \| CACGTGT \| CCACGTG \| ACGTGTC	0.11 \| 0.06 \| 0.09 \| 0.09 \| 0.09 \| 0.08 \| 0.14 \| 0.10 \| 0.11 \| 0.07 \| 0.09
At1g01725
At1g01730	62 \| 63 \| 64 \| 65 \| 76	GCCCAAA \| GGCCCAA \| AGGCCCA \| AAGGCCC \| ATGGGCC	0.07 \| 0.08 \| 0.11 \| 0.08 \| 0.08
At1g01740	27	ACCTTAT	0.06
At1g01750
At1g01760
At1g01770	54 \| 55	ATATATA \| TATATAT	0.09 \| 0.09
At1g01780
At1g01790	8	CTCTCTT	0.06
At1g01800
At1g01820	43 \| 102 \| 103	GCGTTCG \| GATATTT \| AGATATT	0.07 \| 0.09 \| 0.09
At1g01830
At1g01840	48 \| 49 \| 50 \| 51 \| 68 \| 69 \| 70 \| 71	GCCCAAA \| GGCCCAA \| AGGCCCA \| AAGGCCC \| GCCCAAT \| AGCCCAA \| AAGCCCA \| AAAGCCC	0.06 \| 0.08 \| 0.10 \| 0.07 \| 0.07 \| 0.07 \| 0.09 \| 0.07
At1g01860	5	TCTTATC	0.08
At1g01900	37 \| 38 \| 39 \| 40	TATATAT \| ATATATA \| TATATAT \| ATATATA	0.10 \| 0.10 \| 0.10 \| 0.10
At1g01910
At1g01920	15 \| 16 \| 35 \| 85 \| 86 \| 95 \| 96 \| 97	TAAACCC \| TTAAACC \| AAAACCC \| AAGCCCA \| AAAGCCC \| GCCCATA \| AGCCCAT \| AAGCCCA	0.09 \| 0.07 \| 0.09 \| 0.10 \| 0.06 \| 0.07 \| 0.08 \| 0.09
At1g01930	81 \| 82 \| 90 \| 91 \| 92 \| 93 \| 94 \| 106	ATGGGCC \| TATGGGC \| GGGCCTT \| TGGGCCT \| TTGGGCC \| ATTGGGC \| TATTGGG \| GCCGCCT	0.08 \| 0.06 \| 0.06 \| 0.10 \| 0.09 \| 0.09 \| 0.06 \| 0.07
At1g01940	68 \| 69 \| 70 \| 71 \| 79 \| 80	GCCCAAT \| GGCCCAA \| AGGCCCA \| AAGGCCC \| GCCCATA \| GGCCCAT	0.07 \| 0.08 \| 0.11 \| 0.08 \| 0.07 \| 0.10
At1g01950	59 \| 111	CTCTCTT \| AAAATAT	0.06 \| 0.07
At1g01960
At1g01970	62 \| 78 \| 79 \| 80 \| 81 \| 96 \| 97 \| 98 \| 118 \| 119	TCTCTAG \| GCCCATA \| GGCCCAT \| AGGCCCA \| AAGGCCC \| GCCCAAT \| GGCCCAA \| AGGCCCA \| ATGGGCC \| AATGGGC	0.06 \| 0.07 \| 0.10 \| 0.11 \| 0.08 \| 0.07 \| 0.07 \| 0.10 \| 0.07 \| 0.07
At1g01980
At1g01990	58 \| 82 \| 83 \| 84 \| 95 \| 144 \| 145	CTCTCTT \| CCCATTA \| GCCCATT \| AGCCCAT \| TGGGCTT \| TGGGCTT \| ATGGGCT	0.06 \| 0.07 \| 0.10 \| 0.09 \| 0.09 \| 0.06 \| 0.06
At1g02000
At1g02020	115	TGCCGAC	0.08

* Row count is limited to 100.

Link and Publish your data

to the Linked Open Data Community

Linkdata Work Information

ATTED-II