Developmental Coexpression (AtGenExpress + ATTED-II promoter motif) Full

GenoCon

Developmental Microarray Expression Data (AtGenExpress) of plant developmental tissues, combined with CEG coexpression analysis regulatory (7mer) motif calculations (ATTED-II). We took the median of triplicate measurements from AtGenExpress, then sorted the developmental series into plant organs (Flower, Leaf, Root, Stem, Fruit & Seeds), with one category for seedlings (8 days old or less) and another for whole plants (older than 8 days). Gene Loci without expression data or motif data were removed from this database.

References (for ATTED-II):
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17130150
References (for AtGenExpress)
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15806101

Descriptions for each data table:

AtGenExpress_ATTED_Flowering	This collection of Gene Expression Properties are associated with flowering tissues.
AtGenExpress_ATTED_Fruit_Seeds	This collection of Gene Expression Properties are associated with fruit and seed tissues.
AtGenExpress_ATTED_Leaf	This collection of Gene Expression Properties are associated with leaf tissues.
AtGenExpress_ATTED_Root	This collection of Gene Expression Properties are associated with root tissues.
AtGenExpress_ATTED_Seedling	This collection of Gene Expression Properties are associated with seedling tissues.
AtGenExpress_ATTED_Stem	This collection of Gene Expression Properties are associated with stem tissues.
AtGenExpress_ATTED_Whole_Plant	This collection of Gene Expression Properties are associated with whole plant body parts.
Heptamer_elements	A list of the 7mer sequence motifs from ATTED-II. This table lists each 7mer along with the calculated CEG value and the position from the TSS of the maximum CEG value.

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ファイル名
AtGenExpress_ATTED_Flowering			Action テーブルデータの内容を見る APIリストを表示する地図を表示する RDFをチェックするテーブルデータの再利用
テーブルデータ (テキスト)	2013.1.17	4.4MB
テーブルデータ (Excel)	2013.1.17	7.8MB
RDF (Turtle)	2013.1.17	37.5MB
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AtGenExpress_ATTED_Fruit_Seeds			Action テーブルデータの内容を見る APIリストを表示する地図を表示する RDFをチェックするテーブルデータの再利用
テーブルデータ (テキスト)	2013.1.17	2.5MB
テーブルデータ (Excel)	2013.1.17	4.2MB
RDF (Turtle)	2013.1.17	14.0MB
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AtGenExpress_ATTED_Leaf			Action テーブルデータの内容を見る APIリストを表示する地図を表示する RDFをチェックするテーブルデータの再利用
テーブルデータ (テキスト)	2013.1.17	3.2MB
テーブルデータ (Excel)	2013.1.17	5.4MB
RDF (Turtle)	2013.1.17	22.2MB
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AtGenExpress_ATTED_Root			Action テーブルデータの内容を見る APIリストを表示する地図を表示する RDFをチェックするテーブルデータの再利用
テーブルデータ (テキスト)	2013.1.17	2.4MB
テーブルデータ (Excel)	2013.1.17	3.9MB
RDF (Turtle)	2013.1.17	12.3MB
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AtGenExpress_ATTED_Seedling			Action テーブルデータの内容を見る APIリストを表示する地図を表示する RDFをチェックするテーブルデータの再利用
テーブルデータ (テキスト)	2013.1.17	2.9MB
テーブルデータ (Excel)	2013.1.17	4.8MB
RDF (Turtle)	2013.1.17	18.2MB
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AtGenExpress_ATTED_Stem			Action テーブルデータの内容を見る APIリストを表示する地図を表示する RDFをチェックするテーブルデータの再利用
テーブルデータ (テキスト)	2013.1.17	2.1MB
テーブルデータ (Excel)	2013.1.17	3.3MB
RDF (Turtle)	2013.1.17	9.2MB
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AtGenExpress_ATTED_Whole_Plant			Action テーブルデータの内容を見る APIリストを表示する地図を表示する RDFをチェックするテーブルデータの再利用
テーブルデータ (テキスト)	2013.1.17	2.1MB
テーブルデータ (Excel)	2013.1.17	3.3MB
RDF (Turtle)	2013.1.17	9.2MB
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Heptamer_elements			Action テーブルデータの内容を見る APIリストを表示する地図を表示する RDFをチェックするテーブルデータの再利用
テーブルデータ (テキスト)	2012.10.10	12.4KB
テーブルデータ (Excel)	2012.10.10	51.5KB
RDF (Turtle)	2012.10.10	134.9KB
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PPDB_position			Action テーブルデータの内容を見る APIリストを表示する地図を表示する RDFをチェックするテーブルデータの再利用
テーブルデータ (テキスト)	2013.1.17	518.5KB
テーブルデータ (Excel)	2013.1.17	1.6MB
RDF (Turtle)	2013.1.17	1.3MB
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関連するWebサイト	http://atted.jp/ http://arabidopsis.org/servlets/TairOb...
データのリファレンス	http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/171... http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/158...
合計ダウンロード数	2789
最初に登録した日	Oct 10, 2012
最後に更新した日	Mar 6, 2013