Developmental Genomic (AtGenExpress + PPDB promoter motif) Full

Developmental Microarray Expression Data (AtGenExpress) of plant developmental tissues, combined with LDSS sequence analysis of regulatory (8mer) motif calculations (PPDB). We took the median of triplicate measurements from AtGenExpress, then sorted the developmental series into plant organs (Flower, Leaf, Root, Stem, Fruit & Seeds), with one category for seedlings (8 days old or less) and another for whole plants (older than 8 days). For each motif, we calculated the position relative to the TSS as determined experimentally (PPDB). Gene Loci without expression data or motif data were removed from this database.

References (for PPDB):
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17947329
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17346352
References (for AtGenExpress)
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15806101

Descriptions for each data table:

AtGenExpress_PPDB_Flowering	This collection of Gene Expression Properties are associated with flowering tissues.
AtGenExpress_PPDB_Fruit_Seeds	This collection of Gene Expression Properties are associated with fruit and seed tissues.
AtGenExpress_PPDB_Leaf	This collection of Gene Expression Properties are associated with leaf tissues.
AtGenExpress_PPDB_Root	This collection of Gene Expression Properties are associated with root tissues.
AtGenExpress_PPDB_Seedling	This collection of Gene Expression Properties are associated with seedling tissues.
AtGenExpress_PPDB_Stem	This collection of Gene Expression Properties are associated with stem tissues.
AtGenExpress_PPDB_Whole_Plant	This collection of Gene Expression Properties are associated with whole plant body parts.
Octamer_elements	A list of the 8mer sequence motifs from PPDB. This table lists each 8mer along with the appropriate median position from the TSS, calculated from all 8mers.

評価指数

ダウンロード

ファイル名
AtGenExpress_PPDB_Flowering			Action テーブルデータの内容を見る APIリストを表示する地図を表示する RDFをチェックするテーブルデータの再利用
テーブルデータ (テキスト)	2013.1.8	11.2MB
テーブルデータ (Excel)	2013.1.8	19.6MB
RDF (Turtle)	2013.1.8	60.0MB
		その他の形式のAPIリストを表示
AtGenExpress_PPDB_Fruit_Seeds			Action テーブルデータの内容を見る APIリストを表示する地図を表示する RDFをチェックするテーブルデータの再利用
テーブルデータ (テキスト)	2013.1.8	7.2MB
テーブルデータ (Excel)	2013.1.8	11.9MB
RDF (Turtle)	2013.1.8	32.5MB
		その他の形式のAPIリストを表示
AtGenExpress_PPDB_Leaf			Action テーブルデータの内容を見る APIリストを表示する地図を表示する RDFをチェックするテーブルデータの再利用
テーブルデータ (テキスト)	2013.1.8	8.6MB
テーブルデータ (Excel)	2013.1.8	14.5MB
RDF (Turtle)	2013.1.8	42.1MB
		その他の形式のAPIリストを表示
AtGenExpress_PPDB_Root			Action テーブルデータの内容を見る APIリストを表示する地図を表示する RDFをチェックするテーブルデータの再利用
テーブルデータ (テキスト)	2013.1.8	6.8MB
テーブルデータ (Excel)	2013.1.8	11.2MB
RDF (Turtle)	2013.1.8	30.4MB
		その他の形式のAPIリストを表示
AtGenExpress_PPDB_Seedling			Action テーブルデータの内容を見る APIリストを表示する地図を表示する RDFをチェックするテーブルデータの再利用
テーブルデータ (テキスト)	2013.1.8	7.9MB
テーブルデータ (Excel)	2013.1.8	13.2MB
RDF (Turtle)	2013.1.8	37.4MB
		その他の形式のAPIリストを表示
AtGenExpress_PPDB_Stem			Action テーブルデータの内容を見る APIリストを表示する地図を表示する RDFをチェックするテーブルデータの再利用
テーブルデータ (テキスト)	2013.1.8	6.3MB
テーブルデータ (Excel)	2013.1.8	10.1MB
RDF (Turtle)	2013.1.8	26.8MB
		その他の形式のAPIリストを表示
AtGenExpress_PPDB_Whole_Plant			Action テーブルデータの内容を見る APIリストを表示する地図を表示する RDFをチェックするテーブルデータの再利用
テーブルデータ (テキスト)	2013.1.8	6.3MB
テーブルデータ (Excel)	2013.1.8	10.1MB
RDF (Turtle)	2013.1.8	26.8MB
		その他の形式のAPIリストを表示
Octamer_elements			Action テーブルデータの内容を見る APIリストを表示する地図を表示する RDFをチェックするテーブルデータの再利用
テーブルデータ (テキスト)	2012.10.10	18.9KB
テーブルデータ (Excel)	2012.10.10	53.0KB
RDF (Turtle)	2012.10.10	119.6KB
		その他の形式のAPIリストを表示

このデータセットをWebで検索

投稿者メッセージ送信	GenoCon
共同編集者	Koro_Nishikata Robert_Cox
関連するWebサイト	http://ppdb.agr.gifu-u.ac.jp/ppdb/cgi-... http://arabidopsis.org/servlets/TairOb...
データのリファレンス	http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/179... http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/173... http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/158...
合計ダウンロード数	496
最初に登録した日	Oct 10, 2012
最後に更新した日	Jan 22, 2013