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Developmental Genomic (AtGenExpress + PPDB promoter motif) Full

Developmental Microarray Expression Data (AtGenExpress) of plant developmental tissues, combined with LDSS sequence analysis of regulatory (8mer) motif calculations (PPDB). We took the median of triplicate measurements from AtGenExpress, then sorted the developmental series into plant organs (Flower, Leaf, Root, Stem, Fruit & Seeds), with one category for seedlings (8 days old or less) and another for whole plants (older than 8 days). For each motif, we calculated the position relative to the TSS as determined experimentally (PPDB). Gene Loci without expression data or motif data were removed from this database.

References (for PPDB):
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17947329
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17346352
References (for AtGenExpress)
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15806101


Descriptions for each data table:
AtGenExpress_PPDB_Flowering This collection of Gene Expression Properties are associated with flowering tissues.
AtGenExpress_PPDB_Fruit_Seeds
This collection of Gene Expression Properties are associated with fruit and seed tissues.
AtGenExpress_PPDB_Leaf
This collection of Gene Expression Properties are associated with leaf tissues.
AtGenExpress_PPDB_Root
This collection of Gene Expression Properties are associated with root tissues.
AtGenExpress_PPDB_Seedling
This collection of Gene Expression Properties are associated with seedling tissues.
AtGenExpress_PPDB_Stem
This collection of Gene Expression Properties are associated with stem tissues.
AtGenExpress_PPDB_Whole_Plant
This collection of Gene Expression Properties are associated with whole plant body parts.
Octamer_elements A list of the 8mer sequence motifs from PPDB. This table lists each 8mer along with the appropriate median position from the TSS, calculated from all 8mers.
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ファイル名
AtGenExpress_PPDB_Flowering
テーブルデータ (テキスト)
2013.1.8
11.2MB
テーブルデータ (Excel)
2013.1.8
19.6MB
RDF (Turtle)
2013.1.8
60.0MB
AtGenExpress_PPDB_Fruit_Seeds
テーブルデータ (テキスト)
2013.1.8
7.2MB
テーブルデータ (Excel)
2013.1.8
11.9MB
RDF (Turtle)
2013.1.8
32.5MB
AtGenExpress_PPDB_Leaf
テーブルデータ (テキスト)
2013.1.8
8.6MB
テーブルデータ (Excel)
2013.1.8
14.5MB
RDF (Turtle)
2013.1.8
42.1MB
AtGenExpress_PPDB_Root
テーブルデータ (テキスト)
2013.1.8
6.8MB
テーブルデータ (Excel)
2013.1.8
11.2MB
RDF (Turtle)
2013.1.8
30.4MB
AtGenExpress_PPDB_Seedling
テーブルデータ (テキスト)
2013.1.8
7.9MB
テーブルデータ (Excel)
2013.1.8
13.2MB
RDF (Turtle)
2013.1.8
37.4MB
AtGenExpress_PPDB_Stem
テーブルデータ (テキスト)
2013.1.8
6.3MB
テーブルデータ (Excel)
2013.1.8
10.1MB
RDF (Turtle)
2013.1.8
26.8MB
AtGenExpress_PPDB_Whole_Plant
テーブルデータ (テキスト)
2013.1.8
6.3MB
テーブルデータ (Excel)
2013.1.8
10.1MB
RDF (Turtle)
2013.1.8
26.8MB
Octamer_elements
テーブルデータ (テキスト)
2012.10.10
18.9KB
テーブルデータ (Excel)
2012.10.10
53.0KB
RDF (Turtle)
2012.10.10
119.6KB
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合計ダウンロード数 375
最初に登録した日 Oct 10, 2012
最後に更新した日 Jan 22, 2013

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