AtGenExpress mean gene expression + PLACE promoter motif

Developmental Microarray Expression Data (AtGenExpress) of plant developmental tissues, combined with PLACE (Plant Cis-acting Regulatory DNA Elements) motif database. We took the mean of triplicate measurements from AtGenExpress, then sorted the developmental series into plant organs (Flower, Leaf, Root, Stem, Fruit & Seeds), with one category for seedlings (8 days old or less) and another for whole plants (older than 8 days). For each motif, we calculated the position relative to the TSS as determined experimentally. Gene Loci without expression data or motif data were removed from this database.

References (for PLACE)
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/9847208
References (for AtGenExpress)
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15806101

Descriptions for each data table:

AtGenExpress_PLACE_Flowering_mean	This collection of Gene Expression Properties are associated with flowering tissues.
AtGenExpress_PLACE_Fruit_Seeds_mean	This collection of Gene Expression Properties are associated with fruit and seed tissues.
AtGenExpress_PLACE_Leaf_mean	This collection of Gene Expression Properties are associated with leaf tissues.
AtGenExpress_PLACE_Root_mean	This collection of Gene Expression Properties are associated with root tissues.
AtGenExpress_PLACE_Seedling_mean	This collection of Gene Expression Properties are associated with seedling tissues.
AtGenExpress_PLACE_Stem_mean	This collection of Gene Expression Properties are associated with stem tissues.
AtGenExpress_PLACE_Whole_Plant_mean	This collection of Gene Expression Properties are associated with whole plant body parts.

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ファイル名
AtGenExpress_PLACE_Flowering_mean			Action テーブルデータの内容を見る APIリストを表示する地図を表示する RDFをチェックするテーブルデータの再利用
テーブルデータ (テキスト)	2013.4.22	9.5MB
テーブルデータ (Excel)	2013.4.22	16.5MB
RDF (Turtle)	2013.4.22	72.3MB
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AtGenExpress_PLACE_Fruit_Seeds_mean			Action テーブルデータの内容を見る APIリストを表示する地図を表示する RDFをチェックするテーブルデータの再利用
テーブルデータ (テキスト)	2013.4.22	5.8MB
テーブルデータ (Excel)	2013.4.22	9.5MB
RDF (Turtle)	2013.4.22	30.1MB
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AtGenExpress_PLACE_Leaf_mean			Action テーブルデータの内容を見る APIリストを表示する地図を表示する RDFをチェックするテーブルデータの再利用
テーブルデータ (テキスト)	2013.4.22	7.1MB
テーブルデータ (Excel)	2013.4.22	11.9MB
RDF (Turtle)	2013.4.22	44.9MB
		その他の形式のAPIリストを表示
AtGenExpress_PLACE_Root_mean			Action テーブルデータの内容を見る APIリストを表示する地図を表示する RDFをチェックするテーブルデータの再利用
テーブルデータ (テキスト)	2013.4.22	5.5MB
テーブルデータ (Excel)	2013.4.22	8.9MB
RDF (Turtle)	2013.4.22	27.2MB
		その他の形式のAPIリストを表示
AtGenExpress_PLACE_Seedling_mean			Action テーブルデータの内容を見る APIリストを表示する地図を表示する RDFをチェックするテーブルデータの再利用
テーブルデータ (テキスト)	2013.4.22	6.5MB
テーブルデータ (Excel)	2013.4.22	10.7MB
RDF (Turtle)	2013.4.22	37.8MB
		その他の形式のAPIリストを表示
AtGenExpress_PLACE_Stem_mean			Action テーブルデータの内容を見る APIリストを表示する地図を表示する RDFをチェックするテーブルデータの再利用
テーブルデータ (テキスト)	2013.4.22	5.0MB
テーブルデータ (Excel)	2013.4.22	7.9MB
RDF (Turtle)	2013.4.22	21.7MB
		その他の形式のAPIリストを表示
AtGenExpress_PLACE_Whole_Plant_mean			Action テーブルデータの内容を見る APIリストを表示する地図を表示する RDFをチェックするテーブルデータの再利用
テーブルデータ (テキスト)	2013.4.22	5.1MB
テーブルデータ (Excel)	2013.4.22	7.8MB
RDF (Turtle)	2013.4.22	21.6MB
		その他の形式のAPIリストを表示

このデータセットをWebで検索

投稿者メッセージ送信	Koro_Nishikata
共同編集者	Robert Cox
関連するWebサイト	http://www.dna.affrc.go.jp/PLACE/
データのリファレンス	http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/984...
合計ダウンロード数	616
最初に登録した日	Apr 22, 2013
最後に更新した日	Apr 29, 2013

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