Developmental Genomic (AtGenExpress + PPDB promoter motif) mean

Developmental Microarray Expression Data (AtGenExpress) of plant developmental tissues, combined with LDSS sequence analysis of regulatory (8mer) motif calculations (PPDB). We took the mean of triplicate measurements from AtGenExpress, then sorted the developmental series into plant organs (Flower, Leaf, Root, Stem, Fruit & Seeds), with one category for seedlings (8 days old or less) and another for whole plants (older than 8 days). For each motif, we calculated the position relative to the TSS as determined experimentally (PPDB). Gene Loci without expression data or motif data were removed from this database.

References (for PPDB):
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17947329
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17346352
References (for AtGenExpress)
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15806101

Descriptions for each data table:

AtGenExpress_PPDB_Flowering_mean	This collection of Gene Expression Properties are associated with flowering tissues.
AtGenExpress_PPDB_Fruit_Seeds_mean	This collection of Gene Expression Properties are associated with fruit and seed tissues.
AtGenExpress_PPDB_Leaf_mean	This collection of Gene Expression Properties are associated with leaf tissues.
AtGenExpress_PPDB_Root_mean	This collection of Gene Expression Properties are associated with root tissues.
AtGenExpress_PPDB_Seedling_mean	This collection of Gene Expression Properties are associated with seedling tissues.
AtGenExpress_PPDB_Stem_mean	This collection of Gene Expression Properties are associated with stem tissues.
AtGenExpress_PPDB_Whole_Plant_mean	This collection of Gene Expression Properties are associated with whole plant body parts.

License

We would like to thank Dr. Yoshiharu Yamamoto for supplying the data of PPDB (Plant Promoter Database) for PromoterCAD & GenoCon2 competition. License of this work's data is according to the intentions of the PPDB original data source.
http://ppdb.agr.gifu-u.ac.jp/ppdb/cgi-bin/license.cgi

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ファイル名
AtGenExpress_PPDB_Flowering_mean			Action テーブルデータの内容を見る APIリストを表示する地図を表示する RDFをチェックするテーブルデータの再利用
テーブルデータ (テキスト)	2013.5.10	8.5MB
テーブルデータ (Excel)	2013.5.10	14.5MB
RDF (Turtle)	2013.5.10	38.6MB
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AtGenExpress_PPDB_Fruit_Seeds_mean			Action テーブルデータの内容を見る APIリストを表示する地図を表示する RDFをチェックするテーブルデータの再利用
テーブルデータ (テキスト)	2013.5.10	4.5MB
テーブルデータ (Excel)	2013.5.10	6.9MB
RDF (Turtle)	2013.5.10	15.3MB
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AtGenExpress_PPDB_Leaf_mean			Action テーブルデータの内容を見る APIリストを表示する地図を表示する RDFをチェックするテーブルデータの再利用
テーブルデータ (テキスト)	2013.5.10	6.0MB
テーブルデータ (Excel)	2013.5.10	9.5MB
RDF (Turtle)	2013.5.10	23.5MB
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AtGenExpress_PPDB_Root_mean			Action テーブルデータの内容を見る APIリストを表示する地図を表示する RDFをチェックするテーブルデータの再利用
テーブルデータ (テキスト)	2013.5.10	4.2MB
テーブルデータ (Excel)	2013.5.10	6.2MB
RDF (Turtle)	2013.5.10	13.6MB
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AtGenExpress_PPDB_Seedling_mean			Action テーブルデータの内容を見る APIリストを表示する地図を表示する RDFをチェックするテーブルデータの再利用
テーブルデータ (テキスト)	2013.5.10	5.2MB
テーブルデータ (Excel)	2013.5.10	8.2MB
RDF (Turtle)	2013.5.10	19.6MB
		その他の形式のAPIリストを表示
AtGenExpress_PPDB_Stem_mean			Action テーブルデータの内容を見る APIリストを表示する地図を表示する RDFをチェックするテーブルデータの再利用
テーブルデータ (テキスト)	2013.5.10	3.7MB
テーブルデータ (Excel)	2013.5.10	5.1MB
RDF (Turtle)	2013.5.10	10.6MB
		その他の形式のAPIリストを表示
AtGenExpress_PPDB_Whole_Plant_mean			Action テーブルデータの内容を見る APIリストを表示する地図を表示する RDFをチェックするテーブルデータの再利用
テーブルデータ (テキスト)	2013.5.10	3.7MB
テーブルデータ (Excel)	2013.5.10	5.1MB
RDF (Turtle)	2013.5.10	10.6MB
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投稿者メッセージ送信	Koro_Nishikata
共同編集者	Robert Cox
関連するWebサイト	http://ppdb.agr.gifu-u.ac.jp/ppdb/cgi-... http://arabidopsis.org/servlets/TairOb...
データのリファレンス	http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/179... http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/173... http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/158...
合計ダウンロード数	662
最初に登録した日	Apr 23, 2013
最後に更新した日	May 10, 2013

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