PromoterCAD

Developmental Genomic (AtGenExpress Developmental gene expression + PPDB promoter motif) Triplicate Data

Full triplicate expression dataset of AtGenExpress plant developmental tissues, combined with LDSS sequence analysis of regulatory (8mer) motif calculations (PPDB). MotifExpress tool allows the plloting of all triplicate data points during the design process, so the user has some idea of the experimental variation in the measurements.

References (for PPDB):
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17947329
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17346352
References (for AtGenExpress)
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15806101

Descriptions for each data table:

AtGenExpress_PPDB_Flowering	This collection of Gene Expression Properties are associated with flowering tissues.
AtGenExpress_PPDB_Fruit_Seeds	This collection of Gene Expression Properties are associated with fruit and seed tissues.
AtGenExpress_PPDB_Leaf	This collection of Gene Expression Properties are associated with leaf tissues.
AtGenExpress_PPDB_Root	This collection of Gene Expression Properties are associated with root tissues.
AtGenExpress_PPDB_Seedling	This collection of Gene Expression Properties are associated with seedling tissues.
AtGenExpress_PPDB_Stem	This collection of Gene Expression Properties are associated with stem tissues.
AtGenExpress_PPDB_Whole_Plant	This collection of Gene Expression Properties are associated with whole plant body parts.

License

We would like to thank Dr. Yoshiharu Yamamoto for supplying the data of PPDB (Plant Promoter Database) for PromoterCAD & GenoCon2 competition. License of this work's data is according to the intentions of the PPDB original data source.
http://ppdb.agr.gifu-u.ac.jp/ppdb/cgi-bin/license.cgi

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ファイル名
AtGenExpress_PPDB_Flowering			Action テーブルデータの内容を見る APIリストを表示する地図を表示する RDFをチェックするテーブルデータの再利用
テーブルデータ (テキスト)	2013.5.10	19.0MB
テーブルデータ (Excel)	2013.5.10	21.4MB
RDF (Turtle)	2013.5.10	57.7MB
		その他の形式のAPIリストを表示
AtGenExpress_PPDB_Fruit_Seeds			Action テーブルデータの内容を見る APIリストを表示する地図を表示する RDFをチェックするテーブルデータの再利用
テーブルデータ (テキスト)	2013.5.10	7.3MB
テーブルデータ (Excel)	2013.5.10	8.5MB
RDF (Turtle)	2013.5.10	20.3MB
		その他の形式のAPIリストを表示
AtGenExpress_PPDB_Leaf			Action テーブルデータの内容を見る APIリストを表示する地図を表示する RDFをチェックするテーブルデータの再利用
テーブルデータ (テキスト)	2013.5.10	11.4MB
テーブルデータ (Excel)	2013.5.10	13.0MB
RDF (Turtle)	2013.5.10	33.4MB
		その他の形式のAPIリストを表示
AtGenExpress_PPDB_Root			Action テーブルデータの内容を見る APIリストを表示する地図を表示する RDFをチェックするテーブルデータの再利用
テーブルデータ (テキスト)	2013.5.10	6.2MB
テーブルデータ (Excel)	2013.5.10	7.3MB
RDF (Turtle)	2013.5.10	17.3MB
		その他の形式のAPIリストを表示
AtGenExpress_PPDB_Seedling			Action テーブルデータの内容を見る APIリストを表示する地図を表示する RDFをチェックするテーブルデータの再利用
テーブルデータ (テキスト)	2013.5.10	9.3MB
テーブルデータ (Excel)	2013.5.10	10.7MB
RDF (Turtle)	2013.5.10	27.0MB
		その他の形式のAPIリストを表示
AtGenExpress_PPDB_Stem			Action テーブルデータの内容を見る APIリストを表示する地図を表示する RDFをチェックするテーブルデータの再利用
テーブルデータ (テキスト)	2013.5.10	4.7MB
テーブルデータ (Excel)	2013.5.10	5.7MB
RDF (Turtle)	2013.5.10	12.4MB
		その他の形式のAPIリストを表示
AtGenExpress_PPDB_Whole_Plant			Action テーブルデータの内容を見る APIリストを表示する地図を表示する RDFをチェックするテーブルデータの再利用
テーブルデータ (テキスト)	2013.5.10	4.7MB
テーブルデータ (Excel)	2013.5.10	5.7MB
RDF (Turtle)	2013.5.10	12.4MB
		その他の形式のAPIリストを表示

このデータセットをWebで検索

投稿者メッセージ送信	Koro_Nishikata
共同編集者	Robert Cox
関連するWebサイト	http://ppdb.agr.gifu-u.ac.jp/ppdb/cgi-... http://arabidopsis.org/servlets/TairOb...
データのリファレンス	http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/179... http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/173... http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/158...
合計ダウンロード数	590
最初に登録した日	Apr 24, 2013
最後に更新した日	May 10, 2013

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