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GenoCon2 Challenge A - Circadian Genomic (DIURNAL + PPDB promoter motif)

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Circadian Data collected over two days (44 hours) at four hour intervals in various growth conditions. We calculated the Phase of each data by non-linear best fit to a sine wave with a 24 hour period, and similarly calculated the Amplitude. Visually checking the 1000 largest amplitude genes showed a good fit in all cases, though a few genes clearly deviated from sinusoidal behavior. All had a major period of 24 hours. For each gene locus, we added the LDSS motifs as calculated by PPDB..

References (for PPDB):
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17947329
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17346352
References (for DIURNAL)
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18419293

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DiurnalHours_PPDB_COL_LDHH			Action テーブルデータの内容を見る APIリストを表示する地図を表示する RDFをチェックするテーブルデータの再利用
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DiurnalHours_PPDB_COL_SD			Action テーブルデータの内容を見る APIリストを表示する地図を表示する RDFをチェックするテーブルデータの再利用
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DiurnalHours_PPDB_LDHH_SM			Action テーブルデータの内容を見る APIリストを表示する地図を表示する RDFをチェックするテーブルデータの再利用
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DiurnalHours_PPDB_LDHH_ST			Action テーブルデータの内容を見る APIリストを表示する地図を表示する RDFをチェックするテーブルデータの再利用
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DiurnalHours_PPDB_LER_SD			Action テーブルデータの内容を見る APIリストを表示する地図を表示する RDFをチェックするテーブルデータの再利用
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DiurnalHours_PPDB_LIGHT5_HIF138_13			Action テーブルデータの内容を見る APIリストを表示する地図を表示する RDFをチェックするテーブルデータの再利用
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DiurnalHours_PPDB_LIGHT5_znknOX			Action テーブルデータの内容を見る APIリストを表示する地図を表示する RDFをチェックするテーブルデータの再利用
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DiurnalHours_PPDB_longday			Action テーブルデータの内容を見る APIリストを表示する地図を表示する RDFをチェックするテーブルデータの再利用
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DiurnalHours_PPDB_lux_2_LDHH			Action テーブルデータの内容を見る APIリストを表示する地図を表示する RDFをチェックするテーブルデータの再利用
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RDF (Turtle)	2012.9.21	76.0KB
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DiurnalHours_PPDB_phyB9_SD			Action テーブルデータの内容を見る APIリストを表示する地図を表示する RDFをチェックするテーブルデータの再利用
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テーブルデータ (Excel)	2012.9.21	39.0KB
RDF (Turtle)	2012.9.21	76.0KB
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DiurnalHours_PPDB_shortday			Action テーブルデータの内容を見る APIリストを表示する地図を表示する RDFをチェックするテーブルデータの再利用
テーブルデータ (テキスト)	2012.9.21	19.3KB
テーブルデータ (Excel)	2012.9.21	39.0KB
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関連するWebサイト	http://ppdb.agr.gifu-u.ac.jp/ppdb/cgi-...
データのリファレンス	http://diurnal.mocklerlab.org/diurnal_...
合計ダウンロード数	9243
最初に登録した日	Sep 14, 2012
最後に更新した日	Sep 21, 2012

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